Odbor vnitřního řízení (OVŘ) je organizačním celkem AKIS odpovědným za zpracování hlavních plánovacích, řídících a kontrolních dokumentů AKIS. Prostřednictvím Bezpečnostního manažera organizačního celku zabezpečuje realizaci ustanovení zákona č. 412/2005 Sb., o bezpečnosti informací a o bezpečnostní způsobilosti. Organizuje zabezpečení ostrahy objektů, dozorčí služby, služebních (pracovních) pohotovostí a vojensko - odborné přípravy. Zabezpečuje personální, administrativní a fyzickou bezpečnost a bezpečnost KIS. Organizuje a koordinuje zabezpečení přípravy a výcviku aktivních záloh. Zabezpečuje oblast vnitřní logistiky a operativní plánování KIS pro podřízená centra.